2004年以来，转基因水稻污染南方水稻的阴影一直笼罩在国内。绿色和平组织曾于2005年4月13日发布《非法转基因水稻污染中国大米》调查报告，认为转基因种植在湖北等地的种植已经非常广泛。

湖北省农业厅对相关违规企业进行处罚，随即对已种植的上万亩转基因水稻进行铲除，但是散落种子已混入到普通稻种中，并流传至湖北、湖南、江西等地。中国出口欧盟的米制食品29次被检测出含有转基因成分，导致中国出口产品受到严格监管，损失巨大。

国家环境保护部首席专家薛达元对21世纪经济报道表示：转基因水稻流入市场，对国内民制品影响很大，婴幼儿辅食都被检出含有转基因成分，但是对国内经济造成多大损失，目前没有评估。目前没有人对此进行跟踪监测，也没有人受到处罚。

2011年12月23日，欧盟官方公报发布了2011/884/EU号执行决议，再次关注转基因生物的污染问题，将措施管辖的范围扩展到所有在中国米产品中发现的转基因品系，并对中国米产品实施史上最为严苛的入境检查。

决议涵盖的25种米产品包括未去壳米、去壳糙米、米粉、米浆及米糊、米粒、片状米粒、大米淀粉、以及婴幼儿食用的大米配制品等25种产品。出口到欧盟必须接受强制性转基因成分检测，并依据检测结果对不合格采取退货和销毁处理措施。

此外，决议要求食品和饲料经营者，预先通知货物抵达的估计日期，时间和地点。官方控制产生的所有费用，包括取样、分析、仓储、以及针对不合格货物采取的措施，由食品和饲料的经营者负责。这实际上堵上了中国出口欧盟的大门。

转基因食品在欧盟一直被高度监管。欧盟1829/2003号法规规定，未经非常严格的程序授权，转基因食品或饲料不得在欧盟上市。这些产品只有对人类健康，动物健康或环境无害，且不会误导消费者或用户的情况下，才可能被授权。

21世纪经济报道获悉，国内尽管明确要求含有转基因成分的食品必须强制标示，但是由于目前流出的转基因水稻都属于非法种植，也就难以达到这一要求。