863课题“痢疾杆菌综合数据库及分析系统”
4月19日,由上海生物信息技术研究中心承担的“863”计划项目“痢疾杆菌综合数据库及分析系统” 通过科技部专家验收。项目的研究内容主要分为三部分,痢疾杆菌全基因组测序,痢疾杆菌综合数据库的构建以及痢疾杆菌基因组进化分析系统的开发。项目完成了痢疾杆菌的测序数据分析流程的构建以及测序数据质量控制系统的构建和配置;对51株Shigella flexneri菌株进行测序,测序数据大小总量达到132GB;完成了从solexa测序数据寻找变异位点的算法,并将算法应用到已测序的部分痢疾杆菌基因组数据分析;完成了痢疾杆菌基因组浏览器(网址http://lifecenter.sgst.cn/shigella/)的设置,并将所有测序数据及分析结果上传到相应网页,展示已测序基因组中的基因,以及变异位点等信息,也可以进行序列搜索和比对,供国内外同行访问使用;同时也完成痢疾杆菌进化网络的构建,在综合数据库中网页将可以显示进化网络。